Jauh sebelum orang Amerika mengetahui tentang pelarian seksual presiden abad ke-20 mereka — Warren Harding, John Kennedy, dan Bill Clinton adalah pelaku utama — ada kisah Thomas Jefferson dan Sally Hemings. Sehingga baru-baru ini, ketika teknik yang baru dikembangkan dalam penyelidikan genetik membuat bukti saintifik mengenai tokoh-tokoh yang sudah lama mati bagi para sejarawan, dakwaan bahawa Jefferson dan budak mulatto adalah pasangan seksual tidak dapat dibuktikan atau dibantah. Seorang sejarawan menggambarkan kisah itu sebagai "siri mini terpanjang dalam sejarah Amerika." Pada Januari 2000 Yayasan Peringatan Thomas Jefferson menerima kesimpulan, disokong oleh bukti DNA, bahawa Jefferson dan Hemings mempunyai sekurang-kurangnya satu dan mungkin enam keturunan antara tahun 1790 dan 1808, walaupun kesimpulan ini dengan cepat dan bersungguh-sungguh ditentang oleh individu dan kumpulan lain.
Kisah ini berawal pada tahun 1802, ketika seorang wartawan yang mempunyai bukti yang tidak dapat dipertikaikan, James Callender, menerbitkan tuduhan awal di The Richmond Recorder. Motif pemanggil hampir tidak murni. Jefferson telah mempekerjakannya untuk membebaskan John Adams dalam kempen presiden tahun 1800, dan Callender kemudian mengaktifkan Jefferson ketika pembayaran untuk jasanya tidak termasuk janji politik. Khabar angin mengenai misgenasi di Monticello telah membuat pusingan di Virginia selama beberapa tahun. Mereka didasarkan pada fakta bahwa seorang budak rumah yang menarik bernama Sally Hemings mempunyai beberapa anak yang jelas diasuh oleh seorang lelaki kulit putih dan beberapa di antaranya mempunyai ciri-ciri yang menyerupai Jefferson. Baik Callender dan juga editor Federalist yang cepat mengambil kisah ini sangat prihatin jika benar. Mereka berminat menggunakan skandal itu sebagai senjata untuk melukai Jefferson, yang kedudukan politiknya hampir mencapai puncaknya.
Dari segi akibat politik praktikal, tuduhan tersebut terbukti tidak berkesan. Jefferson dipilih kembali oleh tanah longsor pada tahun 1804, dan partai yang diasaskannya mendominasi politik nasional hampir tidak bertentangan selama beberapa dekad. Tetapi sepanjang abad ke-19 kisah "Tom and Sally", seperti yang diketahui ketika itu, berlanjutan sebagai kisah sindiran yang menggembirakan yang menimbulkan bayangan keraguan terhadap reputasi Jefferson dalam buku-buku sejarah.
Dua bukti baru muncul pada abad ke-19, tetapi mereka saling bertentangan. Pada tahun 1873 Madison Hemings, anak sebelah Sally (lahir pada tahun 1805), memberikan wawancara dengan The Pike County (Ohio) Republikan di mana dia mendakwa bahawa Jefferson adalah ayahnya dan, pada hakikatnya, ayah dari semua lima anak Sally atau enam orang anak. Tuntutan ini disahkan oleh Israel Jefferson, bekas budak lain dari Monticello dan rakan lama Madison Hemings. Pada tahun berikutnya, James Parton menerbitkan Life of Thomas Jefferson dan melaporkan sebuah kisah yang telah beredar di keluarga Jefferson dan Randolph selama bertahun-tahun — iaitu, bahawa keponakan Jefferson, Peter Carr, ketika berhadapan dengan Martha Jefferson, telah mengakui bahawa dia adalah ayah dari semua atau kebanyakan anak-anak Sally.
Perkara itu berlaku selama hampir satu abad. Bukti terakhir dari bukti keterangan muncul pada tahun 1968 dengan penerbitan Winthrop Jordan's White Over Black: Sikap Amerika Menuju Negro, 1550–1812. Jordan menyedari bahawa Sally Hemings telah hamil hanya ketika Jefferson hadir di Monticello, sebuah wahyu yang penting kerana dia telah kehilangan dua pertiga waktu itu. Karya Jordan juga melancarkan gelombang keilmuan baru yang memusatkan perhatian pada status Jefferson yang sangat bermasalah sebagai pemilik hamba yang memendam pandangan negatif terhadap orang Amerika Afrika dan keyakinan yang kuat tentang kemustahilan mana-mana masyarakat Amerika biracial. Penilaian yang lebih kritis terhadap watak dan warisan Jefferson memberikan dua sinar yang berbeza mengenai kisah hubungan seksual dengan Sally Hemings. Di satu pihak, ia mengecilkan pandangan Jefferson sepenuhnya, sehingga menjadikan tuduhan itu lebih masuk akal. Sebaliknya, ia mendedahkan nilai-nilai rasis yang jahat yang dikongsi Jefferson dengan pekebun Virginia yang lain,sehingga menimbulkan keraguan baru bahawa dia akan melakukan hubungan seksual jangka panjang dengan wanita kulit hitam. Selama dua dekad akan datang, pendapat ilmiah mengenai perkara itu terbahagi, walaupun majoriti sejarawan dan penulis biografi percaya bahawa bukti tersebut tetap tidak meyakinkan dan tidak meyakinkan.
Pada bulan November 1998 bukti ilmiah baru yang dramatik telah tersedia. Beberapa sarjana selama bertahun-tahun menganjurkan melakukan analisis DNA terhadap jenazah Jefferson dan membandingkan hasilnya dengan keturunan Sally Hemings. Tetapi keturunan kulit putih keluarga Jefferson telah menolak pemikiran untuk menggali nenek moyang mereka sebagai saran yang buruk. Dan kemungkinan memperoleh sampel bahan genetik yang mencukupi setelah bertahun-tahun nampaknya jauh. Walau bagaimanapun, teknik baru untuk memadankan bahagian kromosom Y lelaki memungkinkan untuk melakukan perbandingan tanpa benar-benar mendapatkan sampel dari Jefferson sendiri.
Oleh kerana kromosom Y dilewatkan secara utuh di sisi lelaki, hasil yang boleh dipercayai secara statistik dapat diperoleh dari mana-mana keturunan lelaki dalam keluarga Jefferson. Dr. Eugene Foster, seorang ahli patologi yang telah bersara di University of Virginia, mengumpulkan sampel DNA dari keturunan paman ayah Jefferson yang masih hidup, Field Jefferson, dan juga dari keturunan anak lelaki termuda dan sulung Sally. Hasilnya menunjukkan padanan sempurna antara bahagian tertentu kromosom Y Jefferson dan kromosom Y Eston Hemings (lahir 1808). Peluang pertandingan seperti itu berlaku dalam sampel rawak kurang dari satu dalam seribu. Kajian Foster juga merangkumi perbandingan garis Hemings dengan keturunan keluarga Carr, yang tidak menunjukkan kecocokan,sehingga melemahkan penjelasan yang ditawarkan oleh keturunan kulit putih Jefferson bahawa Carr telah menjadi bapa kepada anak-anak Sally.
Yang pasti, bukti DNA membuktikan kebarangkalian dan bukannya kepastian. Beberapa saudara lelaki lelaki Jefferson mempunyai kromosom Y yang sama, menjadikan mereka layak secara genetik sebagai ayah, walaupun tidak ada di antara mereka yang hadir di Monticello sembilan bulan sebelum kelahiran Sally, seperti yang dilakukan Jefferson. Walaupun begitu, mereka yang paling bersungguh-sungguh menentang bapa Jefferson dengan betul boleh mengatakan bahawa itu bukan masalah kepastian saintifik. Adakah ayah Jefferson telah terbukti tanpa keraguan yang munasabah sangat bergantung pada siapa yang menjadi juri.
Di mana ia meninggalkan kita? Mungkin kaedah terbaik untuk mengatakannya adalah bahawa beban bukti telah berubah agak dramatik. Konsensus ilmiah baru adalah bahawa Jefferson dan Hemings adalah pasangan seksual. Berapa lama hubungan itu kurang jelas, walaupun beban pembuktian sekarang terletak pada mereka yang ingin menolak tuntutan Madison Hemings bahawa hubungan itu sudah lama. Perwatakan hubungan itu lebih penting daripada dugaan. Sama ada secara konsensual atau paksaan, masalah cinta atau pemerkosaan, atau mungkin pengaturan bersama yang memberi Jefferson kepuasan fizikal dan Hemings dengan status istimewa dan janji kebebasan untuk anak-anaknya, adalah masalah perdebatan yang meriah. Perbahasan itu mungkin berterusan untuk beberapa lama,sebahagiannya kerana bukti sejarah hampir tidak ada dan sebahagiannya kerana persoalan mengenai watak Jefferson telah menjadi piala dalam perang budaya. Pengagumnya akan cenderung untuk mentafsirkan hubungan dengan Sally Hemings sebagai hubungan cinta, dengan Jefferson dan Hemings berperanan sebagai pasangan biracial yang paling terkenal di Amerika, atau mereka akan mempersoalkan kebolehpercayaan bukti DNA, dengan menegaskan bahawa ia tidak konklusif secara saintifik atau bahawa ia terbang dengan watak Jefferson, sekurang-kurangnya ketika mereka menyadarinya. Pengkritiknya akan menganggap hubungan itu sebagai simbolik tingkah laku pemangsa budak-budak kulit putih dan bukti-bukti bukti kemunafikan Jefferson, yang kemudian berkembang menjadi gambaran grafik watak murni pernyataan pernyataannya yang fasih tentang kebebasan dan persamaan manusia.
